1920 hatte Schweitzer den Entschluss gefasst, nach Lambarene zurückzukehren, um seine Arbeit fortzusetzen. Er hatte durch seine schriftstellerischen Tätigkeit, durch Vorträge, Vorlesungen und Orgelkonzerte genug Geld eingenommen, um seine im Krieg entstandenen Schulden abzuzahlen und Spenden für eine erneute Ausreise zu sammeln.

Am Ostersamstag 1924 war es endlich so weit, er traf zum zweiten Mal in Lambarene ein. Jedoch war das ein Schock: das Spital war unter der Vegetation kaum noch zu erkennen, überall wucherte Gras und Gestrüpp, aus kleinen Bäumchen waren Bäume geworden und die Gebäude mussten teilweise neu errichtet werden. Jedoch kamen auch sofort wieder Kranke ins Spital und Albert Schweitzer hatte große Mühe, den schweren Aufgaben als Baumeister und Arzt gerecht zu werden. Glücklicherweise bekam er aber bald Verstärkung auf medizinischer Seite, als mit Mathilde Kottmann die erste Pflegerin und mit Victor Nessmann ein zweiter Arzt in Lambarene eintrafen. Nun konnte er sich den Bauarbeiten widmen und die Klinik sowie die vorhandenen anderen Räumlichkeiten wieder aufzubauen. Er konnte sogar noch ein paar neue Baracken errichten. Im Jahre 1925 wurde auch noch das letzte Stück des Schweitzer von der Mission zur Verfügung gestellten Geländes bebaut. Mit Dr. Lauterburg aus Bern und Emma Haussknecht wurde das Team nämlich durch einen dritten Arzt und eine zweite Pflegerin erweitert. Insgesamt gab es nun ein stattliches zweistöckiges Wohnhaus für Missionare, ein kleines Doktorhaus, kleine Bambushütten für die afrikanischen und ein kleines Haus für die europäischen Patienten. So wurde es immer enger auf der Missionarsstation und Albert Schweitzer rechnete bereits mit einer Verlegung des Spitals, die bald darauf von der Missionsgesellschaft bestätigt wurde.

Leider verschärften eine Epidemie und eine Hungersnot die Lage, so dass statt 40 Kranken plötzlich 120 aufgenommen werden mussten. Es fehlte an Platz für Kranke und Tote und ein wenig mehr Land war auch dringend nötig, um selbst Lebensmittel anbauen zu können. Albert Schweitzer entschloss sich deshalb, das Spital auf größeren und eigenen Grund und Boden zu verlegen. Dafür wurde ihm ein siebzig Hektar großes Landstück zur Verfügung gestellt, was er sogleich zu roden begann. Eigentlich wollte er in den nächsten Monaten eine Europareise zu seiner Frau und seiner Tochter antreten, doch diese wurde auf unbestimmte Zeit verschoben.

Er ließ als aller erstes Mais und Süßbananen anbauen und Brotfruchtbäume setzen, um der Hungersnot entgegenzuwirken. Anschließend machte er sich daran, Gebäude auf dem Bauplatz zu errichten. Diesmal brauchte er Materialien, die stabiler waren als Bambushütten; für Steinbauten fehlten allerdings Zeit und Geld. So entschied er sich für Wellblechbaracken mit Balken aus Hartholz. Da das Spital am Flussufer lag, mussten die Gebäude außerdem als Pfahlbauten errichtet werden. Das neue Spital sollte wie ein Dorf aufgebaut werden und Platz für 200 Kranke und ihre Begleiter bieten. Albert Schweitzer baute es so, dass die Sonne ihm am wenigsten anhaben konnte, außerdem achtete er auf Licht und Luft in den Räumen. Der Umzug begann am 21. Januar 1927, obwohl die Inneneinrichtung noch nicht fertig war. Das Spital umfasste nun Gebäude für 250 afrikanische Kranke und ein Haus für zwanzig europäische Patienten. Auf dem Hügel darüber befanden sich das Haus der Ärzte, ein Wohnhaus für die Schweitzers, ein Küchenhaus und der Speisesaal. Um das ganze Gelände herum war der Wald gerodet worden, um Pflanzungen anzulegen. So entstanden zwischen Schweitzers Wohnhaus und dem Fluss mehrere Gemüsegärten.

Da immer wieder neue Gebäude entstehen mussten, kam die Bautätigkeit nicht zum Erliegen, solange Albert Schweizer dort wirkte. Anfang der 50er Jahre erhielt Albert Schweitzer den Friedensnobelpreis und errichtete von dem Geld ein extra Dorf für die Leprakranken, das er „Village de Lumiere“ nannte.